さんざん悩んでやっと見つけたので、書き留めておきます。
ipadを普通にitunesと同期しようとすると、ipadで購入した音楽や本が、すべてコンピューターのitunesのアイテムと置き換わりますと出るので、それだと今までipadで購入したものが全部消えるわけ？って思って、ずいぶんと探しました。
すると、ちゃんとitunesのファイルメニューにあったんですね。『購入した項目をiPadから転送』というメニューが。ずいぶんと遠回りした感じです。

以下は、appleのサイトから

iTunes Store：購入したアイテムを iPhone、iPad、または iPod からコンピュータに転送する方法

お使いのデバイスをコンピュータに接続し、iTunes にアイコンが表示されたら、「ファイル」メニューから「購入したものを "デバイス名" から転送」を選択できます。

また、iTunes のソースリストでお使いのデバイスを右クリックするか (Windows または Mac)、control キーを押しながらクリックして (Mac の場合のみ)、表示されるショートカットメニューから「購入したものを転送」を選択することもできます。

この機能は、iTunes Store で購入したアイテムに対してのみ利用できます。オーディオ CD から読み込んだアイテムや iTunes Store 以外で購入したアイテムは、お使いのデバイスから iTunes ライブラリにコピーされません。